Летняя биоинформатическая школа Центра живых систем МФТИ
Даты проведения - с 5 по 9 августа, МФТИ, очно
О школе
Центр живых систем МФТИ приглашает принять участие в Летней биониформатической школе!
Летняя школа — отличная возможность познакомиться с новыми методами и технологиями, получить ценные знания, опыт и бесценный нетворкинг.
Школа продлится одну неделю с 5 по 9 августа. В первой половине дня будут читаться лекции, как совместные для всего потока, так и отдельно в рамках выбранного трека, во второй половине - будут проводиться занятия на отработку практики. Вам будет предложено решить конкретную задачу.
В этом году мы решили провести три трека:
Летняя школа — отличная возможность познакомиться с новыми методами и технологиями, получить ценные знания, опыт и бесценный нетворкинг.
Школа продлится одну неделю с 5 по 9 августа. В первой половине дня будут читаться лекции, как совместные для всего потока, так и отдельно в рамках выбранного трека, во второй половине - будут проводиться занятия на отработку практики. Вам будет предложено решить конкретную задачу.
В этом году мы решили провести три трека:
- Мультиомика на уровне bulk и single cell
- Белковый дизайн
- Клиническая интерпретация данных NGS
Программа
школы
школы
лекции&практика
Конкурсный отбор
обязателен для участия
Формат
очно, г. Долгопрудный, МФТИ
Стоимость
бесплатно
1.06 - 10.07.2024
1.06 - 10.07.2024
Регистрация на Летнюю школу
10.07-25.07.2024
10.07-25.07.2024
Отбор участников и финализация расписания
25.07.2024
25.07.2024
Рассылка (приглашение или отказ)
05.08-09.08.2024
05.08-09.08.2024
Проведение Летней школы
Мультиомика на уровне bulk и single cell
Описание трека:
На данном треке на примере злокачественных опухолей будут показаны основные подходы в области анализа мультиомных данных на уровне bulk и single cell. Будет разобран анализ соматических и герминальных вариантов, анализ транскриптомных данных, анализ single cell транскриптомики и пространственной транскриптомики, анализ эпигенома. Будут объяснены методы машинного обучения, используемые для анализа мультиомных данных и составления предсказательных моделей на их основе.
Программа трека:
Выявление транскрипционных и генетических предикторов выживаемости пациентов с карциномой
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимо уверенное владение R или Python, а также базовые знания молекулярной биологии.
На данном треке на примере злокачественных опухолей будут показаны основные подходы в области анализа мультиомных данных на уровне bulk и single cell. Будет разобран анализ соматических и герминальных вариантов, анализ транскриптомных данных, анализ single cell транскриптомики и пространственной транскриптомики, анализ эпигенома. Будут объяснены методы машинного обучения, используемые для анализа мультиомных данных и составления предсказательных моделей на их основе.
Программа трека:
- Single cell и пространственная транскриптомика
- Bulk транскриптомика
- Геномика, опухолевая геномика
- Эпигеномика
- Введение в машинное обучение
Выявление транскрипционных и генетических предикторов выживаемости пациентов с карциномой
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимо уверенное владение R или Python, а также базовые знания молекулярной биологии.
Белковый дизайн
Описание трека:
На данном треке слушатели получат возможность ознакомиться с основными подходами, применяющимися для решения задач белкового дизайна. Эти подходы включают как канонические методы на основе филогенетики и эвристические подходы на основе графов, так и более современные технологии, опирающиеся на аппроксимацию свойств аминокислотного выравнивания белкового семейства с помощью анализа прямых связей и вариационных автоэнкодеров. Будет рассмотрено применение больших языковых моделей к решению различных задач белкового дизайна, в том числе для создания новых Cas эффекторов.
Задача для проработки:
Предсказание антительной кросс-реактивности
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимо уверенное владение R или Python, а также базовые знания молекулярной биологии.
На данном треке слушатели получат возможность ознакомиться с основными подходами, применяющимися для решения задач белкового дизайна. Эти подходы включают как канонические методы на основе филогенетики и эвристические подходы на основе графов, так и более современные технологии, опирающиеся на аппроксимацию свойств аминокислотного выравнивания белкового семейства с помощью анализа прямых связей и вариационных автоэнкодеров. Будет рассмотрено применение больших языковых моделей к решению различных задач белкового дизайна, в том числе для создания новых Cas эффекторов.
Задача для проработки:
Предсказание антительной кросс-реактивности
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимо уверенное владение R или Python, а также базовые знания молекулярной биологии.
Клиническая интерпретация данных NGS
Программа трека:
Мастер-классы по анализу данных секвенирования - полный геном. Поиск и классификация однонуклеотидных мутаций и инделов (SNV/Indel), вариаций числа копий (CNV), и крупных структурных перестроек (SV).
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимы:
- Анализ данных NGS. Получение данных секвенирования.
- Механизмы передачи наследственной информации. Классификация мутаций.
- Геномные браузеры и базы данных
- Поиск и классификация генетических вариантов
- Этические проблемы генетического тестирования
Мастер-классы по анализу данных секвенирования - полный геном. Поиск и классификация однонуклеотидных мутаций и инделов (SNV/Indel), вариаций числа копий (CNV), и крупных структурных перестроек (SV).
Требования к участникам:
Мы будем рады видеть студентов старших курсов, недавних выпускников и молодых ученых. Для участие необходимы:
- Базовые знания по молекулярной биологии, молекулярной генетике, понимание принципов работы технологии NGS (в форме регистрации на трек будет тест)
- Пройти вводный бесплатный онлайн-курс на Stepik https://stepik.org/course/1142/promo?search=4250799245 (по желанию)
Расписание лекций и воркшопов является "рабочим", может быть изменено
Команда преподавателей
Команда преподавателей и приглашенных спикеров будет дополнена
- Девяткин Андрейк.б.н., заведующий лаборатории вычислительных методов в биомедицине
- Богданов Викторк.х.н., заведующий лаборатории мультиомики, руководитель биоинформатических проектов
- Максимов Денисаспирант, м.н.с. лаборатории геномной инженерии, биоинформатик, аналитик single-cell секвенирования
- Альберт ЕвгенийPhD ( TU Dresden, Германия), молекулярный биолог, руководитель биоинформатических проектов
- Антышева Зоянаучный сотрудник лаборатории геномной инженерии, руководитель биоинформатических проектов
- Эсибов Антонруководитель отдела клинической интерпретации данных, исследователь лаборатории мультиомики
- Андреева Нинаисследователь лаборатории мультиомики
- Молодцова-Золотухина Дарьяклинический биоинформатик
- Рыжова Ольгаорганизатор школы
Как это было два года назад
Часто задаваемые вопросы
Миша:
Даты проведения Летней школы?
Ответ:
С 5 по 9 августа в будни с понедельника по пятницу, суббота, воскресенье - выходные дни.
Катя:
Для кого организуется Летняя школа?
Ответ:
Мы ждем студентов старших курсов магистратуры биоинформатических специальностей, недавних выпускников, аспирантов, молодых ученых.
Илья:
Для каких целей организуется Летняя школа?
Ответ:
Летняя школа проводится в целях реализации проекта "Сетевая программа развития кадрового потенциала в области разработки высокотехнологичных биологических лекарственных препаратов и анализа биомедицинских данных".
Марина:
Что мне нужно взять с собой на Летнюю школу?
Ответ:
Обязательно возьмите ваш ноутбук
Леша:
Где территориально пройдет Летняя школа?
Ответ:
Московская область, г. Долгопрудный, Институтский переулок 9, стр.7, МФТИ
Аня:
Предоставляется ли общежитие?
Ответ:
Увы, нет. Все места в даты проведения Летней школы уже распределены. Мы предлагаем альтернативные варианты поселения за счет обучающихся https://phystech-hotel.ru/nomera, https://www.nethotel.ru/dolgoprudnyi.html
Денис:
Платное ли участие в Летней школе?
Ответ:
Участие бесплатное
Максим:
Предусмотрено ли питание участников?
Ответ:
Нет, питание осуществляется за свой счет
Оля:
Получу ли я сертификат участника?
Ответ:
В конце мероприятия все участники школы получат на эл.почту, указанную при регистрации, цифровой сертификат, подтверждающий их участие
Центр живых систем
Адрес: Московская область, г.Долгопрудный, Институтский переулок, д.9, стр.7. Корпус Физтех.Био
edu@genlab.llc
edu@genlab.llc